草甘膦的推廣應(yīng)用面臨三方面的問題。
    　　
    一是抗性。草甘膦長期使用勢必產(chǎn)生抗性。抗草甘膦轉(zhuǎn)基因作物已在23個國家的1.14億公頃土地上種植，目前已發(fā)現(xiàn)對草甘膦具抗性的雜草有35種。由于抗草甘膦轉(zhuǎn)基因作物的根茬、種子存在，會形成抗草甘膦的“自生作物”，嚴(yán)重影響產(chǎn)量、品質(zhì)，需使用抗草銨膦等其他除草劑。另外，一些抗草甘膦作物會與某些雜草雜交，產(chǎn)生抗性雜草。

    二是資源。草甘膦的主要原料磷是一種非再生資源，同時也是一種人類生活中必不可少的重要物質(zhì)。磷更是一個重要戰(zhàn)略物資。據(jù)估計，中國高品位磷資源按現(xiàn)在的用量，只能保證未來20年使用。因此，開發(fā)一些非磷的非選擇性除草劑來替代含磷非選擇性除草劑用于轉(zhuǎn)基因作物，是大勢所趨。
    　　
    三是品種。如前述的抗性原因和資源原因，人們在繼續(xù)發(fā)展轉(zhuǎn)基因作物的同時，還積極開發(fā)抗其他除草劑的轉(zhuǎn)基因作物，同時開發(fā)其他非選擇性除草劑用于替代草甘膦等。草銨膦、草硫膦、溴苯腈等與草甘膦是既競爭又互補的非選擇性除草劑。這些除草劑也有它的轉(zhuǎn)基因作物，其中草銨膦至今未發(fā)生抗性。除此之外，還有抗ALS抑制劑、轉(zhuǎn)基因作物抗HPPP抑制轉(zhuǎn)基因作物等。
    　　
    除草劑2,4-D與麥草畏的抗性轉(zhuǎn)基因作物，估計不久可上市。另外，抗麥草畏的轉(zhuǎn)基因大豆、玉米將于2012年上市。據(jù)報道，這種轉(zhuǎn)基因大豆可耐2.8千克/公頃計量的麥草畏，此兩種除草劑價格低廉，它們的轉(zhuǎn)基因作物上市后，將對草甘膦形成很大沖擊。